Nelle sale interne, corredate ancora di alcuni originari arredi, è esposta un’interessante raccolta di opere pittoriche che illustrano le principali fasi evolutive della pittura eugubina tra XIII e XVIII secolo.
A piano terreno è possibile accedere all’area scavata al di sotto del cortile ove vi sono vestigia delle preesistenti strutture medievali. L’accesso al Palazzo non prevede solitamente file e il personale è formato per agevolare il più possibile i visitatori con diversa abilità. Ingresso principale o riservato a persona su sedia a ruote, in piano (senza variazioni di livello) con porta di dimensione del passaggio uguale o superiore a 75 cm. Inoltre è presente il servizio igienico riservato a persona con disabilità.
Il piano nobile dispone di 7 sale espositive, tutte ampie e prive di ostacoli. Si può raggiungere il piano secondo tramite ascensore o attraverso lo scalone d’onore. Qui il percorso è privo di barriere. Per le visite tattili (effettuabili solo su prenotazione) sono presenti riproduzione degli elementi araldici del Palazzo che possono essere esplorati tattilmente, con il supporto di un operatore che introdurrà alla storia del Palazzo e alla vita di Federico da Montefeltro.